Настройка X-сервера под Windows

Запустить установку cygwin, выбрать пакет x-start-menu-icons (он притащит за собой остальные нужные пакеты, в т.ч. скрипт для запуска X-сервера в rootless режиме).

запустить X-сервер Пуск→Cygwin-X→XWin Server (в трее рядом с часами появится значок с буквой «X»).

Всё!

Запуск графических приложений на удаленном linux из под Windows

запустить putty, указать Host Name (имя компьютера, к которому подключаемся).

в настройках подключения выбрать опцию с туннелированием X-трафика (поставить галочку «Enable X11 Forwarding», см. рисунок).

Нажать кнопку Open.

В появившемся окне ssh-подключения ввести имя пользователя и пароль.

Запустить приложение, имеющее графический интерфейс (например, xcalc).

Дополнение

Команда для запуска XWin Server

C:\cygwin\bin\run.exe /usr/bin/bash.exe -l -c /usr/bin/startxwin.exe