http://tldp.org/HOWTO/LVM-HOWTO/index.html

Не рекомендуется создавать lvm physical volume поверх неразмеченного диска, т.к. подобная конфигурация увеличивает вероятность человеческой ошибки с потерей всех данных.

Primary-разделы DOS больше 2ТБ не поддерживаются, поэтому создаем таблицу разделов GPT.

parted /dev/sdd
mklabel gpt
unit MB
#раздел во весь диск
mkpart primary 1 -1 
print
quit
print