Быстрое (до ×2) копирование директорий (с сохранением hardlinks):

cd /mnt/source/
tar cf - . | pv | (cd /mnt/target/; tar xvf - )

или

rsync --inplace -avp -H /mnt/source/ /mnt/target/ --progress

Быстрое удаление директории:

mkdir empty
rsync --del -r empty /mnt/target/